Program utama Kampoeng Quran Cendekia adalah Pesantren dengan legalitas SMP dan SMA, namun bagi yang hanya berminat menghafal quran, dapat mengikuti program Takhassus. Selain tiga program tersebut (SMP, SMA & Takhassus), Kampoeng Quran juga mengadakan program insidental seperti Pesantren Liburan untuk anak setingkat SD dan Pesantren Lansia untuk mereka yang berusia 50 tahun ke atas. Selain itu Kampoeng Quran juga mengadakan taklim rutin, online dan offline dengan pembicara narasumber dari pondok maupun dari luar pondok.

Kami berafiliasi pada ahlussunnah  wal jama’ah (Sunni) dengan mazhab (pendapat) utama yang dipegang adalah syafi’i, namun  dari sejak berdirinya Kampoeng Quran, realitas lingkungan kami heterogen, sehingga kami memegang prinsip “Jika banyak kesamaan, mengapa harus mencari perbedaan“. Perbedaan, terutama terkait mazhab, tidak kami besar-besarkan, apalagi jika perbedaannya terkait fikih yang terbuka lebar peluang untuk bisa dikompromikan. Contoh seperti zikir, hanya dijahrkan pada waktu shalat jahr saja, adapun bakda zuhur, ashar, tidak dijahr kan. 

Awalnya kami membawa slogan tahfidz preneur saja, namun kami terus berkembang untuk menjadi lebih baik, dan kini program utama Kampoeng Quran Cendekia dibangun atas 3 pilar utama, Al-Quran, Preneur dan ulum syar’i (keilmuan agama). Dalam konteks preneur santri kami latih agar tumbuh kemandirian. Dalam konteks Al-Quran, selain dikondisikan untuk menghafal Al-Quran, kami ajarkan juga mereka untuk memahami Al-Quran dengan cara tadabbur. Dalam konteks ulum syar’i kami sarikan kitab-kitab kuning dalam buku bentuk buku panduan atau modul dengan bahasa yang lebih mudah dan menyesuaikan.

Ada banyak lulusan kami yang hafal sampai 30 Juz, namun kami tidak menyamakan setiap santri. Kami mendapat informasi lewat konseling santri yang dilakukan secara berkala. Bagi santri yang terlihat belum mampu menghafal banyak, setidaknya hafalan yang dimiliki terus dimutqinkan (diperkuat) ditambah dengan pemahaman tadabbur ayat-ayatnya.

Santri dibagi menjadi beberapa halaqah (kelompok) sesuai dengan kemampuan. Setiap hari ada 3 kali pertemuan halaqah, yaitu pagi bakda subuh, siang dan bakda maghrib. Dalam setiap pertemuan halaqah santri dapat menyetorkan ayat-ayat yang sudah dihafal. Tidak ada targetan khusus terkait berapa ayat yang disetorkan, disesuaikan dengan kemampuan santri bersangkutan.

Santri tetap mendapat Ijazah resmi (SMP atau SMA), namun berkaitan dengan kurikullum, untuk saat ini SMP dan SMA kami masih menginduk, sehingga kurikullum lebih banyak mengarah kepada kegiatan kepesantrenan (kurikullum khas). Muatan pelajaran umum tidak sebanyak pelajaran syar’i (agama), sehingga Kampoeng Quran Cendekia untuk saat ini cocok bagi orang tua/wali yang ingin anaknya belajar lebih banyak tentang agama atau menghafal quran, dan mungkin belum sepenuhnya cocok untuk orang tua yang mencari capaian akademik.

Kami memfasilitasi bakat dan potensi santri dengan berbagai pelajaran ekstrakurikuer, sperti Multimedia, olahraga, seni, menulis, publicspeaking dll

Pengabdian hanya untuk santri dewasa (selain SMP). Pengabdian diwajibkan untuk santri Takhassus yang beasiswa dan program Tahfidz Preneur.

Kami memfasilitasi test online hanya ketika kondisi calon santri belum memungkinkan untuk datang karena sakit misalkan.

Test meliputi membaca Al-Quran dan test tulis wawasan keislaman secara umum, kemudian diakhiri dengan wawancara oleh bagian konseling.

Untuk saat ini kami masih membuka peluang beasiswa tidak full (tetap berbayar semampunya) bagi mereka yang punya kesulitan dalam masalah ekonomi, sehingga biaya dapat diringankan dan juga diangsur sesuai kesepakatan antara wali santri dan pihak pesantren. Kami tidak membedakan dari segi fasilitas, antara yang berbayar full dan beasiswa tidak full.

Setiap PPDB kami membatasi jumlah santri stiap angkatannya 33 santri saja untuk menjaga kualitas.

Pengajar kami lulusan lokal dan luar negeri, diantaranya lulusan LIPIA jakarta, Al-Azhar Cairo mesir, UIN, Ma’had Al-Imarat, beberapa pesantren ternama di indonesia, dan lain-lain.

Waktu penjengukan untuk saat ini pekan keempat setiap bulan, namun kedepan, sistem akan kami rubah, sehingga penjengukan bisa kapan saja, namun dengan syarat tidak melebihi batas yang sudah pesantren tentukan. Kemudian terkait perpulangan, yang tadinya hanya saat liburan semester, kedepan akan kami pertimbangkan untuk menjadi dua bulan sekali, melihat bahwa usia SMP masih perlu bonding dengan orang tua.